(1)補助対象事業についての報告
補助金交付を受けた後も補助事業年度終了後5年間、「事業化状況・知的財産権等報告書」および「事業化状況等の実態把握調査票」を毎年度3月末までの状況について5月末までに提出することが義務づけられている。
報告書では補助事業の売上高や販売数量、売上原価などについて、その内訳明細も含め、他の事業と区別して記載する必要がある。
そこで、年度末ではなく、毎月ごとに対象事業に関する収益と費用を他の事業とできるだけ区別して計上しておくべきである。
(2)収益納付および補助金返還の義務
事業化状況の報告から、事業化又は知的財産権の譲渡等による一定以上の利益が認められる場合には、補助金額を上限として収益納付しなければならない（赤字決算や年率平均3%以上給与支給総額を増加させた場合等は免除)。
また、賃金引上げ等状況の報告から、事業計画終了時点において、申請時に表明した給与支給総額の年率平均1.5%以上の増加目標および事業計画中の毎年3月末時点において、事業場内最低賃金の増加目標が達成できていない場合には、補助金の返還を求められることがある。
ただし、給与支給総額については、その額の年率増加率平均が付加価値額の年率増加率平均2分の1を超えている場合および天災など補助事業者の責めに負わない理由がある場合、および最低賃金については、付加価値額増加率が年率平1.5%に達しない場合および天災など補助事業者の責めに負わない理由がある場合は返還を求められない。
(3)補助対象資産の管理保全
その他にも、補助対象経費で取得した機械装置などの資産について、国の補助金交付を受けた事業者として管理保全義務が定められている。
補助対象経費で導入した機械装置などの資産については、譲渡したり、廃棄したりするなど、目的外使用等も含めて処分することはできない。
やむをえず処分せざるを得ない場合には、補助金事務局に事前相談の上で申請し、承認されてから実施する。
